La historia de esta entrega animada comienza cuando los Niños Elegidos
(entre otros muchos niños de su edad) reciben un mensaje en sus móviles
que les cita a las 18:00 p.m. en la estación de tren. Allí suben a unos
extraños trenes (para más tarde descubrir que se trata de Trailmons,
unos trenes especiales que circulan por todo el Mundo Digital). Al
llegar al Digimundo llegan a la Estación de la Llama, en la Aldea del
Fuego y se encuentran con un par de digimons llamados Bokomon y Neemon, quienes les guiarán por el digimundo para derrotar a Kerpymon. Recibirán la ayuda de los Guerreros Legendarios quienes intentan salvar el digimundo.
Al llegar, sus móviles se transforman en digivices (D-Tectors) que
tienen la cualidad de albergar los Espíritus Digitales, capaces de
transformar a los niños en Digimons. Pelean con otros cinco Guerreros
Legendarios (aunque uno realmente es Kouichi el hermano gemelo de Koji,
quien luego se les une) que estaban al mando de Kerpymon y tenían los
otros cinco Espíritus Digitales. Con sus poderes, estaban destruyendo el
digimundo y juntando el Digi-Código de este para hacer más fuerte a
Kerpymon.

Después de lograr juntar todos los Espíritus Legendarios (Incluidos
los de tipo Animal y los de los otros cinco guerreros) en Takuya y Koji,
aparecen los llamados "Hiperspirits", transformándose en
"Kaisergreymon" y "Magnagarurumon"; acaban con Kerpymon, que en realidad
estaba siendo usado por Lucemon. Pero se dan cuenta que el Mundo
Digital no solo no se ha recuperado, sino que sigue desapareciendo, y es
aquí cuando aparecen los Caballeros de la realeza,
los cuales trabajan para Lucemon, un ángel que terminó con la guerra
entre digimons pero fue corrompido por el poder; vencido por los 10
Guerreros Legendarios; y encerrado el lo más profundo del Mundo Digital
(el Área Oscura). Lucemon necesita del Digi-Código para salir de su
encierro, lo cual logra gracias a los Caballeros Reales. Al final,
gracias a la unión de todos los niños (excepto Kouichi cuyo espíritu fue
absorbido por Lucemon), en los Digispirits Emperador y fusionándolos
crean a "Susanomon" y acaban por fin con Lucemon, dejando el Digimundo
nuevamente en manos de los Guerreros Legendarios de los Tres Grandes
Ángeles. Cuando los niños regresan al Mundo Humano, descubren que no ha
pasado ni un día desde que se fueron. Luego descubren que Kouichi sigue
con vida, pero está en coma, por lo que los Digivices sacrifican su
poder para revivirlo y vuelven a ser simples teléfonos móviles; más
tarde los niños empiezan una nueva vida, cada uno corrigiendo sus
defectos personales.

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